Next-Generation Sequencing wordt tegenwoordig veel gebruikt in diagnostische labs. GenDx maakt producten om het sequencen van HLA genen mogelijk te maken voor laboratoria die zich richten op transplantatie diagnostiek. De NGSgo-workflow voor HLA typeren begint met een target-specifieke amplificatie. Deze wordt gevolgd door een NGS library preparation stap voorafgaand aan het daadwerkelijke sequencen op een illumina platform. De NGS library preparation stap is in dit proces het meest arbeidsintensief. Om dit te ondersteunen hebben we in eerste instantie de NGS library preparation geautomatiseerd op de Biomek 4000. Dit voor een sample doorvoer van 4 to 24 gepoolde amplicons. Na de succesvolle ontwikkeling van dit protocol hebben we de NGS library preparation ook geautomatiseerd op een Biomek i7, voor een sample doorvoer van 96 of 192 per run. De geautomatiseerde protocollen op de Biomek 4000 en Biomek i7 zijn te gebruiken voor elke workflow die uitgaat van lange PCR amplicons.
Sake van Wageningen, GenDX