Door: FHI, Federatie van Technologie Branches André Matagne voert aan het Centre d’Ingénierie des Protéines van de Universiteit van Luik onderzoek uit naar kwaliteitscontroles op gezuiverde eiwitten. Daarmee hoopt hij de reproduceerbaarheid van onderzoeksgegevens te verbeteren. Tijdens de online kennisdagen Life Science geeft Matagne tekst en uitleg hierover.
Door: Dimitri Reijerman
Matagne legt eerst uit wat recombinante eiwitten precies zijn: “Een zogenaamd recombinant eiwit is een eiwit dat wordt gecodeerd door een gen, ‘recombinant DNA’ geheten, dat tot expressie wordt gebracht in een gastheerorganisme dat van nature dit gen niet bezit. Het gastheerorganisme (bekend als het ‘expressiesysteem’) kan bijvoorbeeld een bacterie, gist, zoogdiercel of plantencel zijn.”
Hij vervolgt: “De toevoeging van nieuwe genen stelt dit organisme in staat om grote hoeveelheden eiwitten te produceren, de zogeheten 'heterologe expressie', hetzij voor fundamenteel onderzoek in de academische omgeving, hetzij voor industriële toepassingen, zoals diagnostische, op eiwitten gebaseerde farmaceutische producten, antilichamen en enzymen voor de behandeling van ziekten. Zo is bijvoorbeeld de Escherichia coli-bacterie ontwikkeld om insuline te produceren.”
Voor onderzoek naar recombinante eiwitten zijn extra strenge kwaliteitscontroles noodzakelijk, stelt Matagne. “Er zijn de afgelopen tien jaar verschillende publicaties verschenen waarin de problemen van niet-reproduceerbaarheid in zowel fundamenteel als preklinisch onderzoek in een breed scala van disciplines zijn belicht. Er zijn pogingen gedaan om de economische kostendimensie te berekenen met betrekking tot de de niet-reproduceerbaarheid van gegevens, wat het lezen ongemakkelijk maakt voor onderzoekers, financieringsinstanties en tijdschriften waar deze gegevens worden gepubliceerd. Hoewel het probleem openlijk en algemeen wordt erkend, lijkt het probleem per veld te zijn aangepakt in plaats van door middel van een inspanning in de hele gemeenschap.”
Een structureel probleem, volgens Matagne: “Er bestaan ??dus momenteel geen specifieke normen voor de kwaliteitscontrole van eiwitreagentia en de bestaande worden enorm onderbenut. Deze controles zijn echter vanuit wetenschappelijk oogpunt essentieel om onderzoek van slechte kwaliteit of artefactueel onderzoek te identificeren. Het gebruik van peptiden, eiwitten en antilichamen van slechte kwaliteit als experimentele reagentia heeft invloed op zowel de kwaliteit als de kosten van het onderzoek dat met deze reagentia wordt uitgevoerd.”
Om deze problematiek op te lossen, heeft Matagne in een werkgroep een lijst met aanbevolen informatie en tests opgesteld: “Deze kunnen helpen bij de validatie van eiwitmonsters die in biologisch onderzoek worden gebruikt. De set van minimale tests die we voorstellen, is gebaseerd op eenvoudige experimentele methoden die algemeen beschikbaar zijn. We raden aan dat deze of soortgelijke informatie verplichte documenten worden bij elke indiening bij wetenschappelijke tijdschriften bij het gebruik van proteïne / peptidereagentia.”
Tijdens zijn (Engelstalige) lezing zal de onderzoeker dieper ingaan op deze aanbevolen methodiek, maar Matagne wil al wel dit kwijt aan zijn publiek: “We streven ernaar om te bewijzen dat een kleine investering in tijd in de kwaliteitscontrole van proteïne(-gerelateerde) reagentia, wat verwaarloosbare extra kosten met zich meebrengt, een significante verbetering kan opleveren in de kwaliteit en reproduceerbaarheid van experimentele gegevens die met deze reagentia zijn verkregen.
De online presentatie van Andre Matagne vindt plaats op donderdag 22 april om 10.00 uur. Inschrijven voor dit webinar kan via deze link.
